目次（11項目）
「マイクロ法人を作ったのはいいけど、税理士さんのコストがかさむな…」
マイクロ法人を始めた人なら一度は思ったことがあるんじゃないでしょうか？
僕もまったく同じことを考えていました。
結論から言うと、1期目は税理士に伴走してもらい、2期目から自分で引き継ぐのが現実的な落とし所でした。最初の1年は月22,000円で寄り添ってもらい、おかげさまで2年目の今、仕訳から法人の確定申告まで自分だけで完結させる運用に移行しています。
「マイクロ法人に税理士は必要か」という問いへの、僕なりの答えがこの記事です。マネーフォワードで会社設立してから税理士を卒業するまでの、フリーランス医師の実録としてまとめました。なんの知識もない状態から試行錯誤の末、ここに辿り着きました。マイクロ法人を作ろうとする医師にとっての道標となれば幸いです。
うさ子 税理士に頼まずに法人の申告なんて、本当にできるんですか？医師の本業もあるのに…。
ナマケン 取引数が少なくて、仕訳パターンが固まって、AIが相談相手になる時代なら十分できます。ただし最初の1年はプロに横についてもらうのが絶対正解です。
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最初の1年はプロに任せて、1年経ったら卒業できた
1期目は月22,000円で税理士に伴走してもらい、仕訳の横で学習。2期目から自分で完結できるようになりました。医師の副業規模なら1年で自走可能です。
ここで先に結論を渡しておきます。
僕の運用はシンプルで、1期目は税理士さんに伴走してもらいながら仕訳を学び、2期目から自分だけで回すという2段階でした。
1期目にかけたコストは月22,000円×12ヶ月＝26.4万円。ここには決算も含まれているので、一般的な「顧問料年20万円＋決算10万円」の組み合わせよりはむしろ安く収まっています。
この1年で得たものは、お金ではなく「何を理解すれば自分の力だけでマイクロ法人を運用できるのか」というチェックリストでした。このチェックリストが埋まった瞬間、卒業が現実味を持ちます。
初年度の不安と「卒業」への実感
法人を作った直後、正直いって何もわかっていませんでした。
決算書の読み方、法人税申告書の構造、インボイス制度、役員報酬の決め方、どれもネットで調べた知識止まり。ここで独学を選ぶと、後から修正申告の山を築くことになります。
半年くらい経った頃から、自分でも仕訳を入れられるようになってきて、「このまま繰り返せば来年は自分でいけるな」という感覚が出てきました。これが卒業の実感です。
会社設立はマネーフォワード会社設立で完結した
定款作成→電子認証→登録免許税6万円の払込→登記申請まで、マネーフォワード会社設立の無料サービスだけで完結します。医師でも数日で設立可能です。
会社設立そのものには、難しいことは何もありませんでした。
僕はマネーフォワード会社設立の無料サービスを使って、自分1人で登記まで完結させています。税理士も行政書士も使わずに、オンラインの入力フォームに沿って進めるだけで、定款と登記書類が一式そろいました。
選んだ理由はマネーフォワードクラウドで全て完結できること
正直、freee会社設立でも同じことはできます。
選定の決め手は、設立後に使う会計ソフトを先に決めてから、同じ会社の設立サービスを使うという順番です。僕はマネーフォワードクラウド会計を使う前提だったので、設立もマネーフォワードで揃えるのが自然でした。
会計ソフトを後から乗り換えると、過去データの移行と勘定科目の再マッピングで地獄を見るので、この順番は本当に大事です。
実費は登録免許税6万円＋定款認証ゼロ円
合同会社にしたので、かかった実費は登録免許税6万円のみでした。
定款の電子認証は合同会社なら不要で、マネーフォワード会社設立の電子定款対応で印紙代4万円もゼロ。株式会社だと定款認証で3〜5万円が追加で必要になります。
法人維持の観点では合同会社のほうがランニングコストも安いので、マイクロ法人目的なら合同会社で十分だと考えています。
医師が設立で迷うのは「事業目的」の書き方
設立フォーム自体は難しくないのですが、医師が必ず手を止めるのが定款の「事業目的」欄です。
診療報酬は一般的な株式会社・合同会社で受け取れないので、ここに医療行為系の目的は書けません。僕は情報発信・コンサルティング・書籍印税・広告収入を想定していたので、次のような目的を並べました。
- 医療・健康に関する情報提供およびコンサルティング業務
- 書籍、電子出版物の企画・制作・販売
- インターネットを利用した広告業務
- 前各号に附帯関連する一切の業務
「将来やるかもしれない事業」まで広めに書いておくのがコツで、後から追加すると定款変更登記で3万円かかります。医師の副業は幅が広がりやすいので、最初に5〜10個選んでおくと安心です。
ただし20〜30個も並べてしまうと「結局何の会社かわからない」と判断されて法人口座開設の審査で不利になる、というのが税理士さんからもらったアドバイスでした。
初年度に税理士に任せた理由
1期目の法人決算・申告は地雷が多く、独力で挑むと修正申告リスクが高いからです。月22,000円で伴走してもらい、2期目からの自走に必要な知識を仕入れました。
「税理士を卒業する前提なのに、なぜ1年目は使ったのか」を先に説明しておきます。
1期目の決算・申告は地雷が多い
法人1期目には、2期目以降には出てこない論点がいくつも集中します。
- 設立時の資本金仕訳（資本金勘定と現金勘定の初期設定）
- 開業費・創立費の処理（繰延資産としての償却）
- インボイス制度（登録するか免税事業者を維持するかの判断）
- 事業年度の設計（決算月をいつに置くか）
これらは一度やり方を覚えればあとは反復作業ですが、最初に我流で入ると修正申告の連鎖になりがちです。税理士報酬の数倍のコストを将来払うリスクのほうが大きいと判断しました。
月22,000円の内訳と依頼範囲
僕の依頼範囲は「マイクロ法人の経理のみ」で、通常プランから個別対応にしてもらい、月22,000円で決算込みにしてもらいました。2025年の実額です。
一般的なマイクロ法人向け顧問の相場（月2〜3万円＋決算料10〜15万円）と比べると、年間トータルで5〜10万円は安く済んでいます。
設立直後の書類提出を代行してもらえたのが本当に助かった
実は、会社設立の段階で顧問契約を先に結んでいたため、設立直後に必要な各種書類の提出を税理士さんに代行してもらえました。
- 税務署への法人設立届・青色申告承認申請書・給与支払事務所等の開設届
- 都道府県税事務所・市町村役場への法人設立届
これらは期限が厳しく、しかも書類の種類が多い。役所は平日しか開いていません。本業が忙しい医師にとって、ここを丸ごと代行してもらえたのはかなり大きな価値でした。
一方、年金事務所での社会保険の新規適用手続き（健康保険・厚生年金の加入）と、法務局への登記申請は自分で行っています。社会保険手続きは社労士領域のため税理士の守備範囲外で、「僕なら窓口でやります」と率直に助言いただいた流れです。法務局も発起人の仕事なので自分で出向きました。
今思えば自分で手続きをやったおかげで、「どの役所が何を管轄しているか」の全体像が頭に入ったのは大きな収穫でした。
どこに頼んだか｜伴走タイプのリベ大税理士法人
リベ大税理士法人に月22,000円で1年伴走してもらいました。仕訳は自分でやって、相談と決算でサポートしてもらう伴走タイプ。おかげで1年で仕訳の考え方が身につきました。
税理士法人名を出すかどうかは少し迷いましたが、1次情報としての価値を優先して書きます。特定の法人を推すというより、「医師×マイクロ法人で初めて税理士を選んだ一例」として記録しておきます。
アフィリエイトに関する前置き
本記事でリベ大税理士法人を取り上げていますが、アフィリエイト案件は存在せず、紹介料も一切受け取っていません。これから税理士を探す医師の参考になれば、という純粋な動機で書いています。
選んだ経緯はYouTube→Chatwork→Zoomの流れ
もともと両学長のYouTube（リベラルアーツ大学）でお金や税金の勉強をしていた時期があり、発信内容の誠実さには触れていました。
とはいえ税理士選びは別問題です。医師仲間に税理士の伝手はなく、ネット検索で上位の税理士を選ぶのもなんとなく怖い。そこで1社として問い合わせを入れてみたところ、対応が驚くほど速くて丁寧でした。
- Chatworkでの初期レスポンスがその日のうちに返ってくる
- マイクロ法人規模に合わせて料金帯を個別調整してくれた
- Zoom面談で担当の税理士さんの話し方が誠実で、質問への回答も具体的
話が丁寧に進んだおかげで、「この人にお願いしたい」と素直に思えました。医局勤務時代には縁のなかった「オンライン完結＋価格の透明性」は、本業が忙しい医師と相性がいい組み合わせです。
仕訳は自分でやって、相談と決算でサポートしてもらう伴走スタイル
契約してから一番ありがたかったのは、「仕訳は基本的にお客さん自身がやる、迷ったら相談してください」という伴走タイプの運用方針でした。
最初は「え、自分でやるの？」と戸惑ったのですが、結果的にこれが大正解だったと思っています。
- 日々の仕訳は自分でマネーフォワードクラウド会計に入力
- 迷った取引はChatworkでスクリーンショットつきで相談（当日〜翌日にはレスが返ってくる）
- 月次で全体をレビューしてもらい、修正点をフィードバック
- 決算・申告は税理士さんが仕上げてくれる
Zoom面談は1年で合計3回ほどでした。初回の顔合わせ、仕訳運用のレクチャー、決算前レビュー。それ以外はほぼChatworkで完結していたので、本業のある医師でもスケジュール調整のストレスがありません。
完全丸投げではなく、こちらが一次対応した仕訳をプロにチェックしてもらう設計なので、1年続けただけで自然と仕訳の考え方が身につきました。丸投げしていたらこの記事を書くこともなかったはずで、本当に感謝しています。
設立前に簿記3級を取っておいたのも効いた
伴走タイプの顧問契約の効きを最大化するうえで、最低限の会計の素養を自分に入れておいたことはかなり役に立ちました。
僕は会社設立の前に簿記3級を取得しています。借方・貸方、貸借対照表と損益計算書のつながり、減価償却の概念、このあたりを事前に知っておくだけで、税理士さんからのフィードバックを何倍も深く受け取れました。
簿記3級はネットで2〜3週間勉強すれば取れる範囲です。法人を作る前に合わせて取っておくと、顧問料のコスパが一段上がる実感があります。
1年で教わって目からウロコだった税金Tips
伴走のなかで、医師向けのブログにはあまり出てこない助言を2つもらいました。記事を読んでいる方にもそのまま共有します。
役員報酬「給与所得控除の4.5万円」説は医師には当てはまらない
ネットで調べると「役員報酬は給与所得控除55万円÷12ヶ月＝月4.5万円に合わせよ」という助言をよく見ます。ですがこれは他に給与所得がない人向けの話で、医師の場合は本業（フリーランス麻酔科医としての給与所得）で控除枠をすでに使い切っていることが大半。マイクロ法人側の役員報酬を「給与所得控除」を目的に4.5万円に合わせる根拠は、正確には成立しません。
手取りベースで見ると、社会保険料の天引きで給与がマイナスにならない下限は月12,000円前後とのことでした。社会保険の最低等級を狙う4.5万円設定はそれとは別軸（協会けんぽ・厚生年金の保険料最小化）なので、何の観点で役員報酬を決めるかを先に整理するとブレません。
（社会保険最低等級の話は姉妹記事にまとめています）
自宅家賃の按分は「床面積ベース」、法人名義化で一気に50〜80%まで伸びる
自宅兼オフィスの家賃を経費に入れるとき、僕はずっと「ざっくり30%くらい？」と迷っていました。
教わった正解は床面積ベースで計算するというもの。たとえば3LDKの自宅(約82㎡)で仕事部屋として使っているのが6畳なら、単純床面積比で13%強。リビングでの作業時間も加味すると15%くらいが妥当です。
さらに踏み込むと、賃貸契約を個人名義から法人名義に切り替えると按分率を50%まで上げられるケースがあり、建物土地の評価証明書をきちんと取れば80%まで伸びる余地もあると教わりました。マイクロ法人の事務コストを考えると必ずやるべきとは限らないものの、「15% → 50%の扉は制度上存在する」と知っておくだけで打ち手の選択肢が広がります。
1年で自力運用に引き継げた3つの条件
取引数が月20件前後、仕訳パターンの固定化、AIサポートの充実、この3つが揃えば自走に引き継げます。事業内容によって必要な期間は変わります。
この記事の核心がここです。
卒業できるかどうかは才能ではなく、条件が揃ったかどうかで決まります。僕の場合は1年でこれが揃いました。
条件①｜事業内容がシンプルで仕訳パターンが固定化
マイクロ法人といっても、事業内容によって仕訳の量は大きく変わります。物販・複数サービス運営だと取引数が一気に膨らみ、逆に情報発信・コンサル中心だと毎月似たような取引しか出てきません。
僕の事業内容は後者寄りで、月の取引件数は20件前後。役員報酬の支払い、社会保険料の引き落とし、クラウドサービスの経費、たまに外注費、くらいで7〜8割のパターンがカバーできます。
パターンが固まると、マネーフォワードの「自動仕訳ルール」を育てる意味が出てきます。1年かけて仕訳ルールを育てた結果、2期目は仕訳画面を開いてワンクリックで9割確定、という世界になりました。
条件②｜決算書・法人税申告書の構造を理解できた
1期目に税理士が作った決算書と法人税申告書を、時間をかけて読み込んだのが大きかったです。
- 貸借対照表のどこに何が乗るか
- 損益計算書と法人税申告書の「別表四」がどう繋がっているか
- 均等割・法人住民税の計算がどの書類で決まるか
これを1期目の実物で理解すると、2期目以降は「去年と同じ構造で数字だけ変える」作業になります。ゼロから組み立てるわけではないので、難易度が一気に下がります。
条件③｜AIサポートとマネーフォワード学習リソースの充実
ここが1年前の自分と今の自分で一番違うところです。
ChatGPTやClaudeに「この取引の勘定科目は？」「消費税区分は？」と質問すれば、ほぼ間違いのない回答が返ってくる時代になりました。税理士に聞くほどではないけど自信がない、みたいなグレー判断をAIが埋めてくれるのでかなり効率的になりました。
マネーフォワード公式のヘルプセンターも充実してきていて、ググって出てこない論点はほぼありません。1人で回せる土壌が、この1〜2年で一気に整った印象です。
卒業を確信した瞬間｜算定基礎届を自力で出せたとき
抽象的な条件だけでは「まだ自分は大丈夫だろうか」と迷い続けます。僕にとって確信が持てた具体的な瞬間が1つありました。
それは算定基礎届（毎年7月10日期限の社会保険手続き）を、調べながら自力で提出できたときです。
算定基礎届はそもそも社労士の領域で、税理士の守備範囲外。顧問の税理士さんからも「社労士領域なので僕なら窓口でやります」と率直な助言をもらっていました。どうせならと思い、徹底的に調べてマネーフォワードから電子提出まで自力で完結。ここをやり切れた瞬間、「もう伴走なしで回せる」と腹落ちしました。
【必読】マネーフォワード初期設定で最もハマる罠
個人家計用のマネーフォワードME（MFME）と法人用のクラウド会計（MFCA）を同一アカウントで使うと、個人と法人のデータが混在して後戻りが困難になります。必ず別アカウントで運用してください。
ここが、この記事で一番伝えたいTipsです。正直、設立時の自分に叫んで教えたい。
同一アカウントで混ざると何が起きるか
マネーフォワードには、個人の家計管理に使う「マネーフォワードME（MFME）」と、法人・事業用の「クラウド会計（MFCA）」という2系統があります。
ここで同じマネーフォワードIDで両方にログインする運用をすると、連携している銀行口座やクレジットカードの情報が、個人側にも法人側にも共有されてしまう。
これは僕の体感だけの話ではなく、マネーフォワードMEの公式サポートにも明記されている仕様です。公式の推奨回避策は、①グループ機能で不要な口座を表示しないようにする、②異なるメールアドレスで別IDとして独立運用する、の2択。実務で使うなら②の完全分離が圧倒的にラクです。
正しいアカウント設計は個人用メールと法人用メールを分ける
対策は単純です。
- MFME （個人家計）：個人のGmailで登録。家計の全口座を連携
- MFCA （法人会計）：法人専用に新しくGmail（あるいはGoogle Workspace）を取得し、法人口座とビジネスカードだけを連携
こうしておけば、データが混ざる事故はゼロになります。法人設立と同時に法人用メールを作っておくのが、もっとも事故率が低い順番です。
すでに混ざっている場合の切り分け方
もし既にやってしまっていたら、法人用の新アカウントを作り直して、法人側の連携口座・カードだけを新アカウントにつけ直してください。
過去データのエクスポートは可能ですが、勘定科目の割当や自動仕訳ルールは引き継げないので、1期目の分を作り直す手間が発生します。設立直後に気付いたほうが被害は小さく済みます。
いま自分でやっている運用と今後の方針
月次はマネーフォワードクラウド会計で仕訳、年次はクラウド確定申告で法人税申告に挑戦予定です。2年目の運用コストは年6万円以下まで下がる見込みです。
卒業後の運用をそのまま公開します。
月次｜マネーフォワードクラウド会計で仕訳
月末にまとめて、連携口座・カードから流れてきた取引を仕訳していきます。
自動仕訳ルールが育った状態だと、月の作業時間は1時間以内です。途中で判断に迷った取引だけ、AIに質問して補強するか、メモに残して次回のスポット相談で聞く、という流れ。
年次｜マネーフォワードクラウド確定申告で法人税申告に挑戦
2期目の法人税申告は、自分でやる前提で進めています。マネーフォワードの「クラウド申告」を使えば、クラウド会計のデータから別表がほぼ自動で生成される設計です。
法人税申告書は難しいと言われますが、1期目の税理士作成書類を教材として手元に持っているので、ゼロから組み立てる必要はありません。AIも使えば、マイクロ法人規模の申告書はひとりで組める時代になったと感じます。
ナマケンのひとこと
自分で申告までやるなら、クラウド会計とクラウド確定申告をセットで使うのが最短ルート。無料プランでも決算までの流れは体感できます。
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自分でやるか、税理士に頼むかの判断軸
取引数が多い・副業多岐・不動産所得ありなら税理士に任せるべきです。マイクロ法人規模で仕訳パターン固定・本業多忙でも月1時間確保できるなら卒業してOKです。
1年経ってわかった、税理士にサポートしてもらい続けるべき人と、自走に引き継げる人の線引きをシンプルにまとめます。
前提として、マイクロ法人でも事業内容によって仕訳の量はかなり変わります。物販・複数サービスを運営している人は取引数が一気に増えるので、同じ「マイクロ法人」でも必要な手厚さは変わってきます。自分の事業形態を先に当てはめて読んでください。
顧問契約を続けたほうがよい人
こんな人は、コストを払ってでも税理士に残ってもらうのが賢明です。
- 取引件数が月50件を超える
- 複数の事業（不動産・物販・株式譲渡・海外所得など）が絡む
- 従業員を雇う予定がある（給与計算・年末調整が発生）
- 税務調査リスクを気にする（医師の場合は将来的に視野に入る）
- 法人決算月が本業の繁忙期と重なる
自走に切り替えてもOKな人
一方、こちらに当てはまるなら自走に切り替えて問題ありません。
- マイクロ法人規模（取引数月20件前後）
- 仕訳パターンが1年で固まった
- 本業が忙しくても月1時間の経理タイムを確保できる
- 決算書・法人税申告書を一度自分の目で読み込んだ
- AIや公式ヘルプを使う習慣がある
僕は後者の条件がすべて埋まったので、2期目の卒業を決めました。
医師のマイクロ法人税理士運用についてよくある質問
申告ソフトの選び方・決算のスポット料金・本業多忙時の運用・仕訳ミスのリカバリなど、自分で運用する医師が最初に詰まる論点を実務目線でまとめます。
法人税申告書はマネーフォワードクラウドだけで作れる？
仕訳と決算書作成までは「クラウド会計」で完結しますが、法人税申告書の作成は別途「クラウド申告」が必要です。
両方を契約しても年間数万円で済むので、顧問料を見直した分のコストでおつりが出ます。
決算だけスポットで税理士に依頼するといくら？
マイクロ法人規模なら5〜10万円が相場です。
僕は月22,000円の顧問料で1年お願いしましたが、2年目以降にスポット契約に移行するなら決算料のみで半額以下まで圧縮できます。
医師の本業が忙しくても月1時間で仕訳は回せる？
取引数が月20件前後で仕訳パターンが固まっていれば、月1時間以内で回せます。
コツはマネーフォワードの自動仕訳ルールを1期目から丁寧に育てることです。ここを怠ると毎月ゼロベースで判断することになり、時間が読めなくなります。
仕訳を間違えた場合のリカバリはどうすれば？
決算前に修正仕訳を入れれば問題ありません。
決算後に気付いた場合は修正申告か更正の請求で対応しますが、マイクロ法人なら影響は軽微です。気付いた時点で顧問税理士（残していれば）に相談するか、AIで条文に当てるかのどちらかで十分対応できます。
まとめ｜1年目は保険、2年目は自走
1期目は月22,000円で税理士に伴走してもらい、2期目から月1時間の自走運用に移行。マネーフォワード一貫と、MFME/MFCAのアカウント分離が医師の自走を支えます。
今日の要点を3行でまとめます。
- 1期目は月22,000円で税理士伴走、決算まで込みで学習コストとして払い切る
- 取引数月20件前後・パターン固定・AI併用の3条件で2期目から卒業可能
- マネーフォワードME（個人）とMFCA（法人）のアカウント分離は絶対に最初にやる
医師がマイクロ法人を運用するうえで、税理士は「永遠の必需品」ではなく、「1年間の家庭教師」として捉えるのが合理的だと思いました。
本業が忙しい中で年数十万円を払い続ける必要はありません。1期目にプロの伴走で学び切り、2期目から月1時間の自走に切り替える。このリズムが、医師×マイクロ法人にいちばん馴染む形です。
ナマケンのひとこと
これから会社設立する人は、マネーフォワード会社設立→クラウド会計→クラウド確定申告まで同じアカウントで揃えるのが一番ラクでした。